Ekspedisi dilakukan dari akhir Mei hingga akhir Desember 2009, dan dibagi dalam enam etape:

Sumatra (30 Mei - 4 Juli):

Bangka-Belitung, Palembang, Bengkulu, Enggano, Bengkulu, Sibolga, Mentawai, Sibolga, Nias, Singkil, Simeuleu, Meulaboh, Taman Nasional Gunung Leuser, Calang, Banda Aceh, Pulau Weh, Lhokseumawe, Medan, Dumai, Pulau Rupat, Bengkalis, Siak (Delta Siak), Batam, Bintan (Tanjung Pinang), Kepulauan Lingga-Singkep, Anambas, Natuna, Tambelan.

Kalimantan (12 Juli - 8 Agustus):

Mempawah/Singkawang, Pontianak (Delta Kapuas), Ketapang, Kepulauan Karimata, Pangkalan Bun, Tanjung Putting, Palangkaraya, Banjarmasin (Delta Barito), Pulau Laut, Banjarmasin, Balikpapan, Samarinda (Delta Mahakam), Sangatta, Berau, Tarakan, Kepulauan Derawan, Nunukan, Samarinda.

Sulawesi (16 Agustus - 19 September):

Mamuju, Kepulauan Spermonde, Makassar, Selayar, Bulukumba, Bira (Pangkalan Phinisi), Bonerate, Muna-Kabaena, Bau-Bau, Buton, Wowoni, Kepulauan Tukang Besi, Wakatobi, Kendari, Kepulauan Banggai, Luwuk, Cagar Biosfir Lore Lindu, Ampana, Kepulauan Togean, Gorontalo, Tondano, Bitung, Manado, Sangir-Talaud, Bitung.

Maluku-Papua (27 September - 31 Oktober):

Morotai, Halmahera, Bacan, Obi, Ambon, Buru, Bandaneira, Hatta, Sjahrir, Seram, Ternate, Tidore, Buru, Kepulauan Raja Ampat, Sorong, Manokwari, Nabire, Kepulauan Biak, Teluk Bintuni, Fakfak, Kaimana, Kepuauan Kai, Delta Digoel, Merauke, Tanimbar, Wetar.

Nusa Tenggara (8 November - 5 Desember):

Alor, Lembata, Kupang, Rote, Sawu, Larantuka, Meumere, Ende, Danau Kelimutu, Waingapu (Sumba), Pulau Komodo, Sangeang, Sumba Besar, Mataram (Lombok), Rinjani, Senggigi.

Jawa-Bali (5 Desember - 31 Desember): Denpasar, Ubud, Danau Batur, Kintamani, Singaraja, Gilimanuk, Ketapang, Banyuwangi, Sirubondo, Probolinggo, Surabaya, Madura, Kepulauan Kangean, Bawean, Gresik, Tuban, Rembang, Jepara, Karimunjawa, Semarang, Cirebon, Ciamis/Tasikmalaya, Pangandaran, Pelabuhan Ratu, Ujung Kulon, Krakatau, Banten, Kepulauan Seribu, Jakarta.